Femke Mortier behaalde haar diploma van dierenarts in 2010 aan de Universiteit van Gent, waarna ze een roterend internship voltooide aan de vakgroep Kleine Huisdieren van de faculteit in Merelbeke. Vervolgens verbleef ze vier jaar in Duitsland voor de residency in Interne Geneeskunde van de Kleine Huisdieren aan de Ludwig-Maximilians-Universität in München. In 2016 werd ze ‘Diplomate van het Europese College van Interne Geneeskunde (ECVIM)’ en werkte ze een tijdje als internist in Dierenkliniek Rijen in Nederland. Sinds enkele jaren is ze terug actief aan de Vakgroep Geneeskunde en Klinische Biologie van de Kleine Huisdieren. Nadat ze er een tijdlang consultaties op de dienst Interne Geneeskunde combineerde met het begeleiden van studenten en interns op de hospitalisatie-afdeling, begon ze in juni 2019 aan een doctoraatsonderzoek naar proteïnurie bij katten.